Nació en Iquique el 23 de marzo de 1903 y es hija de inmigrantes italianos. Durante su adolescencia, la familia Caffarena decidió emigrar a Santiago. Se instalaron en un barrio contiguo al de Recoleta. Construyeron ahí un pequeño taller para la elaboración de calcetines y medias, en el cual la joven participó asiduamente, intercalando sus estudios secundarios y universitarios, con el trabajo en la empresa familiar.

Como feminista inagotable, participó junto a Amanda Labarca, en la formación de la «Asociación de Mujeres Universitarias» en 1931, actuando como la delegada de esta institución ante la «Federación de Instituciones Femeninas», agrupación que fue clave para la obtención del voto electoral femenino. En 1935, junto a varias mujeres de todos los estratos socio-económicos, formó el «Movimiento pro emancipación de las mujeres de Chile», del cual fue secretaria general por muchos años.

Las integrantes del movimiento se declararon abiertamente feministas y Caffarena declaró que los embarazos no deseados, entre muchas otras cosas, constituían una tragedia social. Buena parte de la prensa, así como los sectores más conservadores, no tardaron en tacharlas de destructoras de la familia y comunistas. No obstante, eso no las detuvo.

Cuando en 1938 el radical Pedro Aguirre Cerda, llegó a la presidencia, surgieron esperanzas en el conglomerado por conseguir el voto femenino. Elena Caffarena junto a Flor Heredia, redactaron el proyecto de ley que les permitiría a las mujeres votar en todas las elecciones. Sin embargo, con la muerte prematura del Presidente, el estatuto legal de la mujer permaneció intacto.

En 1949, el Presidente radical Gabriel González Videla, aceptó firmar el decreto que le otorgó pleno derecho a voto a la mujer, aunque tal decisión nada tuvo que ver con los esfuerzos del mandatario, sino más bien con la lucha de las mujeres y la gestión de Pedro Aguirre Cerda

Bajo la dictadura del general Augusto Pinochet, la casa de Elena Caffarena ubicada en Seminario, se convirtió en centro de operaciones y reunión para las feministas y la disidencia en general, con todo el riesgo que esto significaba para la época. Al ser allanada la casa por militares, Caffarena serenamente les dijo «miren muchachos yo voy a estar en mi pieza y no quiero ser molestada. Les recomiendo que antes de quemar los libros, los lean». Durante este periodo, fue una de las fundadoras del Comité de Defensa de los Derechos del Pueblo, CODEPU, y la Fundación para la Protección de la Infancia Dañada por los Estados de Emergencia.